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Máster y doctorado

Redes biológicas y modelos multiescala

Un dibujo de reacciones dice qué puede transformarse, pero no a qué velocidad. Separaremos la contabilidad de sustancias de sus leyes cinéticas. Después buscaremos cantidades conservadas y veremos cuándo una reacción rápida permite simplificar el sistema, incluyendo el ajuste inicial que no conviene ocultar.

1. Cada columna registra lo que cambia al ocurrir una reacción

Fijamos un orden de especies y otro de reacciones. La columna de la matriz estequiométrica S contiene producción menos consumo de cada especie.

Para A→B, en el orden (A,B), es (−1,1).

Una tasa v_{r} multiplica esa columna.

La ecuación x^{\prime}=S\,v(x) separa estructura y cinética.

S no basta para determinar una trayectoria: faltan leyes de velocidad, parámetros, estado inicial y flujos externos. Trabajamos primero con concentraciones continuas en un sistema homogéneo de volumen fijo.

Construir una interconversión

A→B con tasa 2A y B→A con tasa B.

  1. Columnas

    Son (−1,1) y (1,−1).

  2. Matriz y tasas

    S=\begin{pmatrix}-1&1\\1&-1\end{pmatrix},\quad v=\binom{2A}{B}.

  3. Multiplicar

    A′=−2A+B y B′=2A−B.
Resultado

El signo de cada entrada sigue la reacción correspondiente.

Lo comprobamos

Una tasa positiva puede contribuir negativamente a una especie consumida.

Evaluar en un estado

A=3 y B=1 en esa red.

  1. Tasas

    v=(6,1).
  2. Primera especie

    A′=−6+1=−5.
  3. Segunda

    B′=6−1=5; el total instantáneo no cambia.
Resultado

Las derivadas son cambios, no concentraciones nuevas.

Lo comprobamos

No se resta cinco a A sin especificar un intervalo y un método de evolución.

2. La acción de masas es una hipótesis cinética, no la matriz

Para una reacción elemental A→B, la acción de masas da una tasa kA.

Para A+B→C, puede usarse kAB.

Esa ley expresa mezcla homogénea y un mecanismo elemental, con unidades coherentes de k. Una transformación global observada puede necesitar otra cinética efectiva.

Los coeficientes estequiométricos multiplican la tasa al formar derivadas. Una reacción que consume dos A tiene cambio −2 por suceso, aunque su tasa se haya escrito como kA². En modelos discretos aparecen además conteos de parejas, según la convención de constantes.

Una asociación

A+B→C, k=1/2, A=4 y B=3.

  1. Tasa

    v=kAB=6.
  2. Cambios

    (A′,B′,C′)=(−6,−6,6).
  3. Suma simple

    (A+B+C)′=−6: el número de especies contadas no se conserva.
Resultado

La conservación física puede tener otros pesos.

Lo comprobamos

Una molécula C puede contener unidades que antes estaban en A y B.

Consumir dos unidades

2A→B con tasa determinista v=kA², k=3 y A=2.

  1. Tasa

    v=3·2²=12.
  2. Derivadas

    A′=−24 y B′=12.
  3. Ponderar

    (A+2B)′=−24+24=0.
Resultado

La columna (−2,1) conserva A+2B, no A+B.

Lo comprobamos

La definición de k incorpora la convención usada para la tasa.

3. El núcleo izquierdo revela cantidades conservadas

Si un vector constante l satisface l^TS=0, entonces \frac{d}{dt}(l^Tx)=l^TSv=0. Es una propiedad de la estructura que vale para cualquier cinética compatible. No hace falta resolver toda la red.

Una asociación conserva unidades aunque cambie el número de moléculas
A+B → CABC−1−1+1Conserva A+C y B+C.No conserva A+B+C.Cambios: (−1,−1,+1)
Red con A y B arriba y C abajo. La reacción A más B a C consume una unidad de A y una de B y produce una de C. Las flechas convergen en la misma reacción, sin representar dos reacciones independientes de A a C y de B a C. Los cambios por suceso son menos uno menos uno más uno. Se conservan A más C y B más C, mientras A más B más C disminuye en uno por suceso. Esta diferencia explica por qué las leyes materiales usan pesos adecuados y se calculan en el núcleo izquierdo de la matriz estequiométrica.

La combinación puede representar unidades materiales o solo una restricción algebraica; no toda l tiene componentes positivas. Si añadimos un flujo externo b(t), su derivada pasa a ser lᵀb. Un sistema abierto puede perder una conservación del modelo cerrado.

Dos conservaciones de una asociación

Para A+B→C, S es la columna (−1,−1,1).

  1. Primera

    l₁=(1,0,1): l₁ᵀS=−1+1=0; conserva A+C.
  2. Segunda

    l₂=(0,1,1): conserva B+C.
  3. Ejemplo

    Con A=4,B=3,C=2, esos totales son seis y cinco.

Resultado

También se conserva A+B+2C, suma de las dos combinaciones.

Lo comprobamos

No se infiere conservación de A+B+C.

Abrir la interconversión

En A⇄B añadimos una entrada constante uno a A.

  1. Red cerrada

    Las transferencias internas conservan A+B.

  2. Entrada

    b=(1,0), así (1,1)·b=1.
  3. Total

    A(t)+B(t)=A₀+B₀+t.
Resultado

La misma reacción interna puede coexistir con un total creciente.

Lo comprobamos

La conservación siempre se refiere al sistema completo que hemos escrito.

4. La clase del estado inicial y el equilibrio son restricciones distintas

Como x′ pertenece a imagen(S), la trayectoria permanece en x(0)+\operatorname{im}S mientras exista. Intersectamos esa clase con concentraciones no negativas. Las conservaciones lineales ayudan a describirla.

Un equilibrio satisface Sv(x*)=0.

No exige que todas las tasas sean cero: varias reacciones pueden compensarse. Balance detallado, cuando corresponde, impone igualdades adicionales entre flujos reversibles y es más fuerte que anular el cambio neto.

Equilibrio que no es accesible

En A⇄B con tasas 2A y B, empieza en (A,B)=(2,4).

  1. Total inicial

    A+B=6.
  2. Otro equilibrio

    (3,6) también cumple B=2A, pero suma nueve.
  3. Restricción

    La red cerrada no puede llevar del total seis al nueve.

Resultado

Una razón de equilibrio no elige el total disponible.

Lo comprobamos

Un estado que resuelve las ecuaciones estacionarias puede pertenecer a otra clase.

Flujos no nulos que se compensan

Ciclo A→B→C→A, con tasas A,B,C.

  1. Estado

    A=B=C=2: cada tasa vale dos.
  2. Balances

    A′=−A+C=0; B′=A−B=0; C′=B−C=0.
  3. Interpretar

    Hay flujo circulante pero ninguna concentración cambia.

Resultado

Estacionario no significa que no ocurra ninguna reacción.

Lo comprobamos

Este ciclo dirigido no se interpreta como balance detallado de cada pareja reversible.

5. Una red reversible se resuelve usando primero su total

En A′=−2A+B, B′=2A−B, sea T=A+B constante.
Sustituir B=T−A reduce a A^{\prime}=T-3A.
El equilibrio de la clase es A*=T/3 y B*=2T/3.
La solución es A(t)=T/3+(A_0-T/3)e^{-3t},\quad B(t)=T-A(t).

El total fija una dirección conservada y la diferencia respecto al equilibrio decae. Si T=0 y las concentraciones son no negativas, solo queda el estado cero.

Equilibrio con total quince

T=15.

  1. Razón

    2A=B.
  2. Total

    A+2A=15.
  3. Resolver

    A*=5 y B*=10; las dos tasas valen diez.
Resultado

El equilibrio tiene transferencias opuestas iguales, no necesariamente tasas nulas.

Lo comprobamos

Cambiar T cambia ambas concentraciones aunque la razón sea la misma.

Una trayectoria completa

T=15, A₀=14 y B₀=1.

  1. Solución

    A=5+9e⁻³ᵗ y B=10−9e⁻³ᵗ.
  2. Inicio

    En t=0 recuperamos 14 y uno; ambas concentraciones son no negativas para t≥0.

  3. Comprobar

    A′=−27e⁻³ᵗ=−2A+B y B′=27e⁻³ᵗ; total quince.
Resultado

El ritmo de ajuste está en e⁻³ᵗ.

Lo comprobamos

El equilibrio coincide con el límite, pero la fórmula también describe el transitorio.

6. Una escala rápida crea una capa inicial

Tras normalizar unidades, un sistema puede escribirse x^{\prime}=f(x,y),\quad\varepsilon y^{\prime}=g(x,y), con 0<ε≪1.

Poner formalmente ε=0 sugiere g(x,y)=0.

Para aproximar hace falta una rama regular y atracción de la dinámica rápida, además de las condiciones del teorema usado.

La variable rápida se acerca después de una capa inicial
x=e⁻ᵗ; εy′=x−yx(0)=1; y(0)=010012tRojo: reducción y≈xAzul: ε=1/10Verde: ε=1/50El ajuste inicial no desaparece en t=0.
Tres curvas en las mismas escalas de tiempo y valor. La roja es x igual exp menos t y también la reducción formal y aproximadamente x. Azul y verde son las soluciones exactas de epsilon y prima igual x menos y con epsilon un décimo y un cincuentavo, y dato y cero. Ambas parten de cero mientras la reducción parte de uno, luego suben rápidamente y se aproximan a la rama lenta. Reducir epsilon estrecha la capa inicial; no cambia el desacuerdo exacto en t cero. El modelo se resuelve por una fórmula explícita y muestra por qué una reducción requiere estabilidad rápida y cuidado con los datos iniciales.

El dato y₀ puede no estar sobre esa relación. Entonces y se ajusta en una capa inicial de tiempo del orden de ε. La aproximación reducida puede ser buena después de ese ajuste y fallar al inicio si omitimos su efecto.

Un ejemplo que se puede resolver exactamente

x′=−x, εy′=x−y, x₀=1, y₀=0 y 0<ε<1.

  1. Lenta

    x=e⁻ᵗ.
  2. Rápida

    Integrar y′+y/ε=e⁻ᵗ/ε da y=(e^{-t}-e^{-t/\varepsilon})/(1-\varepsilon).
  3. Reducción

    g=0 propone y≈x, pero en t=0 la propuesta vale uno y el dato real es cero.

Resultado

El término e⁻ᵗᐟᵋ registra el ajuste que se perdería.

Lo comprobamos

La relación reducida no cumple automáticamente todos los datos iniciales.

Separar dos errores

Con la misma solución, calcula y−x.

  1. Restar

    y-x=(\varepsilon e^{-t}-e^{-t/\varepsilon})/(1-\varepsilon).
  2. Acotar

    |y-x|\le[\varepsilon+e^{-t/\varepsilon}]/(1-\varepsilon) para t≥0.
  3. Leer

    Un término es pequeño con ε; el otro decae rápido, pero al inicio no es pequeño.

Resultado

No hay convergencia uniforme a y=x en un intervalo que incluya ese dato inicial incompatible.

Lo comprobamos

Fuera de la capa, el error de orden ε sí puede dominar.

7. Equilibrio rápido y estado cuasiestacionario no son la misma hipótesis

En equilibrio rápido se equilibran ciertos flujos reversibles. En una aproximación cuasiestacionaria se anula aproximadamente la producción neta de un intermediario, incluso con flujo que lo atraviesa. Las variables lentas pueden seguir moviéndose.

En el mecanismo E+S⇄C→E+P, el total de enzima es E_{T}=E+C.
La condición formal C′≈0 da C\approx E_TS/(K_M+S),\quad K_M=(k_{-1}+k_{\rm cat})/k_1.

Su validez requiere una separación de escalas apropiada; la fórmula sola no la demuestra.

Comparar dos relaciones formales

k₁=2, k₋₁=1, k_{cat}=3, E_{T}=1 y S=2.

  1. Cuasiestacionario

    K_{M}=2 y C≈2/(2+2)=1/2; tasa de producto k_{\rm cat}C\approx3/2.
  2. Solo equilibrio de unión

    K_{d}=k₋₁/k₁=1/2 daría C≈2/(1/2+2)=4/5.
  3. Diferencia

    La salida hacia producto interviene en K_{M} y no en K_{d}.

Resultado

Las dos aproximaciones responden a balances distintos.

Lo comprobamos

Estos parámetros permiten comparar fórmulas; no prueban por sí solos que una reducción sea precisa.

La ecuación algebraica no garantiza atracción

Congela x=1 y compara εy′=1−y con εy′=y−1.

  1. Misma rama

    Ambas tienen equilibrio y=1.
  2. Primera

    La diferencia inicial δ se multiplica por e⁻ᵗᐟᵋ y disminuye.

  3. Segunda

    Se multiplica por eᵗᐟᵋ y aumenta.

Resultado

Eliminar la derivada en una rama rápida inestable puede dar una reducción engañosa.

Lo comprobamos

Regularidad de la rama y estabilidad rápida son condiciones diferentes.

8. Una reducción se comprueba en trayectorias, balances y escala de población

Antes de comparar curvas, se revisan unidades, no negatividad y conservaciones. Después se compara sistema completo y reducido con varias ε y datos iniciales, incluyendo el transitorio. Coincidir en un equilibrio no prueba coincidir en toda la evolución.

Con pocas moléculas, modelos de saltos discretos usan propensiones y cantidades enteras. Sus esperanzas no satisfacen automáticamente las mismas ecuaciones deterministas cerradas. Promediar un producto requiere información de fluctuaciones y correlaciones.

Reducir ε mejora el error después del ajuste

En el ejemplo x′=−x y εy′=x−y, toma t=1.

  1. ε=1/10

    y≈0,408704 y x≈0,367879: diferencia aproximada 0,040825.
  2. ε=1/100

    y≈0,371595: diferencia aproximada 0,003716.
  3. Inicio

    En ambos casos el error en t=0 sigue siendo uno.

Resultado

La comparación comprueba una mejora fuera de la capa, sin ocultar el inicio.

Lo comprobamos

Son valores de una solución exacta evaluada, no una garantía numérica para cualquier red.

Una pareja requiere dos moléculas

Reacción discreta 2A→B.

  1. Conteo

    Con n_{A} moléculas hay n_{A}(n_{A}−1)/2 parejas no ordenadas.

  2. Una sola

    Si n_{A}=1, no hay pareja; sustituir simplemente n_{A}² daría uno.

  3. Fluctuación

    Con n_{A}=0 o 4 equiprobables, E[n_{A}]=2 pero E[n_{A}(n_{A}−1)]=6, no (E[n_{A}])²=4.
Resultado

La ecuación de una media puede necesitar un segundo momento.

Lo comprobamos

Las constantes y el escalado de volumen se declaran antes de comparar modelos discretos y continuos.

Ahora lo resolvemos de principio a fin.

EJEMPLO RESUELTO 1

Conservar el total

Para A′=−2A+B, B′=2A−B, calcula (A+B)′.

  1. Total

    T=A+B.
  2. Derivar

    T′=A′+B′.
  3. Sustituir

    T′=(−2A+B)+(2A−B).
  4. Cancelar

    −2A+2A=0 y B−B=0.
  5. Conclusión

    T′=0: el total permanece igual a su dato inicial.
  6. Matriz

    El vector (1,1) está en el núcleo izquierdo de S; cada columna suma cero.

Resultado

El total es constante.

Lo comprobamos

La matriz estequiométrica tiene suma de filas nula por columnas.

EJEMPLO RESUELTO 2

Equilibrio rápido

Si A+B=12 y 2A=B, calcula ambas concentraciones.

  1. Total dado

    A+B=12.
  2. Relación

    2A=B.
  3. Sustituir

    A+2A=12, por tanto 3A=12.
  4. Resolver

    A=4 y B=8.
  5. Verificar

    4+8=12 y 2·4=8.
  6. Dinámica

    A′=−8+8=0 y B′=8−8=0: ambas derivadas se anulan.
Resultado

A=4 y B=8.

Lo comprobamos

Ambas derivadas de la red se anulan.

Los símbolos que hemos usado

x
Vector de concentraciones o cantidades, bajo una convención declarada.
S
Matriz estequiométrica: cada columna es el cambio de una reacción.
v(x)
Vector de tasas de las reacciones.
lᵀS=0
Condición para que el funcional lineal lᵀx se conserve.
Compatibilidad estequiométrica
Estado inicial más la imagen de S, restringidos a estados físicos.
ε
Razón pequeña entre escalas temporales en una reducción rápida-lenta.
Estado cuasiestacionario
Relación que aproxima una dinámica rápida tras un transitorio, bajo condiciones.

Ahora te toca a ti.

Tienes cinco ejercicios. Inténtalos; las pistas te ayudan si te atascas.

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