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Máster y doctorado

Reacción y difusión en sistemas biológicos

Una concentración puede cambiar porque se produce o consume sustancia y porque esta viaja entre lugares. Separaremos ambas causas con un balance. Después veremos qué significa perturbar un equilibrio y por qué dos sustancias que difunden a ritmos distintos pueden comportarse de otra manera que una sola.

1. La reacción cambia cantidad y la difusión la transporta

El balance local es u_t+\operatorname{div}J=f(u). u es concentración, J flujo y f producción menos consumo. La ley de Fick J=-D\nabla u, con D>0 constante, conduce a u_t=D\Delta u+f(u). El menos en J dirige flujo hacia concentración menor.

Una misma transferencia sale de un lado y entra en el otro
Intercambio sin reacciónVolumen 1 en cada compartimento314Tasa −4Tasa +4F=2·(3−1)=4Total: 3+1=4; tasa total 0.
Dos compartimentos de volumen uno con concentraciones tres a la izquierda y uno a la derecha. Las alturas coloreadas son proporcionales a las concentraciones. Una conductancia de intercambio dos produce una transferencia cuatro hacia la derecha, dos por la diferencia tres menos uno. Sin reacción ni flujo externo, las tasas de cantidad son menos cuatro y más cuatro y su suma es cero. El total inicial es cuatro. Es un modelo discreto de balance; la conductancia incluye geometría y unidades y no se identifica automáticamente con el coeficiente de difusión de una EDP. La flecha muestra la transferencia instantánea, no un paso temporal completo.

D tiene unidades longitud²/tiempo y f concentración/tiempo. En varios componentes cada concentración tiene su balance y las reacciones pueden estar acopladas. Antes de calcular una tasa conviene decidir qué parte transporta y qué parte produce.

Dos compartimentos conectados

Volúmenes uno, concentraciones tres y uno, conductancia de intercambio dos y sin reacción.

  1. Diferencia

    Tres menos uno es dos.

  2. Transferencia

    F=2·(3−1)=4 hacia la derecha.
  3. Balance

    Las tasas son −4 y +4; su suma es cero y el total inicial es cuatro.

Resultado

Este modelo discreto ilustra redistribución, con una misma transferencia que sale y entra.

Lo comprobamos

La conductancia de compartimentos incorpora la geometría; no se identifica sin unidades con cualquier D de una EDP.

Producción y consumo

f(u)=u(1−u), en unidades normalizadas.

  1. u=1/4

    f=3/16>0: producción neta.
  2. u=3/2

    f=−3/4<0: consumo neto.
  3. Sin gradiente

    Si la concentración es espacialmente uniforme, la difusión aporta cero.

Resultado

La reacción puede cambiar la cantidad aunque no haya movimiento espacial.

Lo comprobamos

Los signos de f no sustituyen las condiciones de frontera.

2. La frontera decide con qué exterior intercambiamos sustancia

Un problema incluye dominio, u(x,0) y frontera. Dirichlet fija concentración; Neumann de flujo nulo fija derivada normal cero; periodicidad identifica extremos. Estas elecciones cambian tanto el balance total como los modos permitidos.

Con flujo nulo y regularidad adecuada, \frac{d}{dt}\int_\Omega u=\int_\Omega f(u). La integral del laplaciano se convierte en flujo de borde y se anula. Con concentración fijada en el borde, puede haber intercambio aunque no haya reacción.

Un perfil que conserva su masa

Difusión pura en [0,π], flujo nulo y u=2+e⁻ᴰᵗcos x.

  1. Frontera

    uₓ=−e⁻ᴰᵗsin x se anula en ambos extremos.
  2. Ecuación

    uₜ=−De⁻ᴰᵗcos x y Duₓₓ tiene el mismo valor.
  3. Masa

    \int_0^\pi u\,dx=2\pi porque la integral de cos x es cero.
Resultado

El perfil se aplana sin cambiar el total.

Lo comprobamos

La concentración en cada punto sí puede cambiar.

No intercambiar dos fronteras

Compara cos x y sin x en [0,π].

  1. Coseno

    Su derivada se anula en los extremos: sirve para perturbaciones de Neumann.

  2. Seno

    Su valor se anula en los extremos: sirve para perturbaciones de Dirichlet homogénea.

  3. Comprobar

    La derivada del seno en cero vale uno: no cumple flujo nulo allí.

Resultado

Elegir un modo sin revisar la frontera puede resolver otro problema.

Lo comprobamos

Los valores de una solución completa incluyen además su equilibrio de referencia.

3. Un equilibrio homogéneo debe cumplir reacción y frontera

Si u(x,t)=u* es constante, uₜ=Δu=0 y hace falta f(u*)=0.

También debe satisfacer el borde. Un equilibrio es una solución estacionaria exacta; su estabilidad pregunta qué ocurre al separarnos un poco de él.

Puede haber equilibrios no homogéneos con DΔu+f(u)=0, donde reacción y difusión se compensan.

No exigimos f(u)=0 punto a punto si u no es constante.

Logística y frontera

f(u)=u(1−u).

  1. Reacción

    u*=0 o u*=1 anulan f.
  2. Flujo nulo

    Ambas constantes son compatibles.

  3. Dirichlet cero

    Solo la constante cero cumple u=0 en los extremos; la constante uno queda excluida.

Resultado

Resolver f=0 no es todavía revisar todo el problema de frontera.

Lo comprobamos

La compatibilidad no demuestra estabilidad.

Un equilibrio espacial no constante

En [0,π], D=1, f(u)=u y Dirichlet cero.

  1. Proponer

    u(x)=a sin x, con a≥0.
  2. Derivar

    uₓₓ=−u.
  3. Balance

    uₓₓ+f(u)=−u+u=0 y se cumplen los dos extremos.
Resultado

La reacción no es cero en el interior, pero el balance estacionario sí.

Lo comprobamos

Es un ejemplo del modelo lineal f(u)=u, no del logístico anterior.

4. Linealizar mantiene el primer cambio y controla qué se omite

Escribimos u=u*+εv.

Con f diferenciable, f(u_*+\varepsilon v)=f(u_*)+\varepsilon f^{\prime}(u_*)v+o(\varepsilon). Como f(u*)=0, el primer orden satisface v_t=D\Delta v+f^{\prime}(u_*)v.

Esta ecuación aproxima perturbaciones pequeñas; no es toda la ecuación no lineal. Si la tasa crítica es cero, el primer orden puede no decidir estabilidad. Que una perturbación empiece creciendo tampoco predice por sí solo la amplitud final de un patrón.

Ver el término que se descarta

Logística alrededor de u*=1: u=1+εv.

  1. Expandir

    (1+εv)(−εv)=−εv−ε²v².
  2. Dividir por ε

    vₜ=DΔv−v−εv².
  3. Primer orden

    Se omite el término cuadrático pequeño: vₜ=DΔv−v.
Resultado

El coeficiente lineal es menos uno y su origen se ve en la expansión.

Lo comprobamos

Si εv deja de ser pequeño, no basta esta aproximación.

La misma linealización puede ocultar signos distintos

Sin variación espacial, compara u′=u³ y u′=−u³ cerca de cero.

  1. Derivada

    Ambas reacciones tienen f′(0)=0.
  2. Primer modelo

    Una perturbación positiva crece.

  3. Segundo

    Una perturbación positiva disminuye hacia cero.

Resultado

Una tasa lineal nula no decide entre estos comportamientos.

Lo comprobamos

Los términos superiores son la información que se perdió.

5. Cada modo espacial tiene una amplitud que crece o decae

Un modo compatible satisface −Δφ=λφ.
Si v=a(t)φ, sustituir da a^{\prime}=(r-D\lambda)a, donde r=f′(u*).
Entonces a(t)=a(0)e⁽ʳ⁻ᴰλ⁾ᵗ.

Tasa negativa significa decaimiento y positiva crecimiento.

En [0,π] con Neumann, \varphi_n=\cos(nx),\quad\lambda_n=n^2, incluyendo n=0.

En Dirichlet homogénea se usan sin(nx), n≥1.
Se distinguen la frecuencia n, el autovalor λ=n² y la tasa temporal r−Dλ.

Comparar dos frecuencias

r=2, D=1/2 y Neumann en [0,π].

  1. n=1

    λ=1 y tasa 2−1/2=3/2: crece.
  2. n=3

    λ=9 y tasa 2−9/2=−5/2: decae.
  3. Amplitudes

    Partiendo de amplitud a₀, evolucionan como a₀e³ᵗᐟ² y a₀e⁻⁵ᵗᐟ².

Resultado

La misma reacción puede amplificar escalas lentas y amortiguar las rápidas.

Lo comprobamos

No se resta Dn cuando corresponde Dn².

El modo constante

Neumann y n=0.

  1. Forma

    φ₀=1 y λ₀=0.
  2. Tasa

    r−D·0=r.
  3. Interpretar

    La difusión no cambia una perturbación uniforme.

Resultado

Un término difusivo grande no elimina una inestabilidad homogénea bajo estas fronteras.

Lo comprobamos

Con Dirichlet homogénea no hay ese mismo modo constante no nulo.

6. Una sola especie estable no se desestabiliza añadiendo esta difusión

Si r=f′(u*)<0, D>0 y λ≥0, la tasa r−Dλ sigue siendo negativa.

En este marco escalar, la difusión no vuelve inestable un equilibrio homogéneo ya estable por reacción. Los modos de mayor λ se amortiguan más.

Con r>0 algunos modos pueden crecer.

En Dirichlet el menor λ es positivo y puede desplazar todos a tasas negativas; en Neumann queda el constante. El resultado depende de la frontera y de que la difusión sea la positiva declarada.

Equilibrio logístico positivo

u*=1 tiene r=−1. Toma D=1 y modos de Neumann.

  1. Constante

    Tasa −1.

  2. n=1

    Tasa −2.

  3. n=3

    Tasa −10.

Resultado

Todos decaen en el análisis lineal, con mayor amortiguamiento a frecuencia alta.

Lo comprobamos

No se ha descrito aquí cualquier sistema con varias sustancias.

El tamaño puede estabilizar un equilibrio de reacción inestable

r=1, D=1 y Dirichlet homogénea en [0,L].

  1. Menor autovalor

    λ₁=(π/L)².
  2. L=π/2

    λ₁=4 y la mayor tasa es 1−4=−3; las otras son menores.

  3. L=2π

    λ₁=1/4 y su tasa es 3/4>0.
Resultado

La frontera y el tamaño cambian qué longitudes de onda caben.

Lo comprobamos

Se analiza un equilibrio compatible con Dirichlet, como u*=0.

7. Dos especies producen una matriz distinta para cada modo

Para U vectorial y difusión diagonal positiva D, se linealiza la reacción con J=Df(U*).

Un modo da a^{\prime}=(J-\lambda D)a.

La estabilidad depende de las partes reales de sus autovalores. Difusividades distintas no desplazan todos los autovalores por el mismo número.

La inestabilidad exige un modo dentro de la banda
det(J−λD)=1−7λ+10λ²λ01/51/21λ=1/3: determinante −2/9Traza negativa; un autovalor >0.El dominio decide qué λ caben.
Curva del determinante de J menos lambda D, uno menos siete lambda más diez lambda al cuadrado, para una linealización de dos especies con J de filas uno menos dos y dos menos tres y D diagonal uno diez. La traza es negativa para lambda no negativo. El determinante se hace negativo entre un quinto y un medio, y ahí hay un autovalor temporal positivo. Se marca lambda un tercio, permitido por Neumann en el intervalo de longitud pi raíz de tres. En longitud pi solo caben lambda n al cuadrado y ninguno pertenece a la banda. La curva muestra estabilidad lineal modal, no amplitud de un patrón ni una simulación de concentraciones.

Una inestabilidad de Turing exige reacción homogénea estable y algún modo espacial permitido inestable al introducir difusión. Si D=dI, solo se restan dλ a los autovalores y ese mecanismo no aparece.

Una banda que se vuelve inestable

Ejemplo de linealización: J=\begin{pmatrix}1&-2\\2&-3\end{pmatrix},\quad D=\operatorname{diag}(1,10).

  1. Sin difusión

    tr J=−2 y det J=1: los dos autovalores son −1.
  2. Con modo λ

    La traza es −2−11λ; el determinante es 1−7λ+10λ².

  3. Banda

    El determinante es negativo para 1/5<λ<1/2.

    Allí hay un autovalor positivo y otro negativo.

Resultado

Es una demostración de inestabilidad lineal para esa matriz y esos modos.

Lo comprobamos

J es una linealización de ejemplo; no certifica por sí sola un patrón biológico no lineal.

La banda no basta si no cabe ningún modo

Neumann en [0,L], con la misma J y D.

  1. L=π

    Los autovalores espaciales son n²; ninguno está entre 1/5 y 1/2.

  2. L=π√3

    Son n²/3. El primero no constante es 1/3 y sí está en la banda.

  3. Comprobar

    En λ=1/3, tr=−17/3 y det=−2/9: hay crecimiento.
Resultado

La geometría selecciona qué valores de λ son reales para el problema.

Lo comprobamos

No se toma un λ continuo cualquiera ignorando la frontera.

8. Crecimiento lineal, patrón final y error numérico se distinguen

Para hablar de patrón se estudian también términos no lineales, amplitud, positividad, estabilidad y frontera. Una figura irregular de una simulación no prueba que exista un patrón estable del modelo. Se revisan balances y refinamiento espacial y temporal.

Incluso un modo que decae exactamente puede crecer en una discretización con paso excesivo.

Un cálculo por Euler de a′=αa multiplica por 1+αΔt.

Ese factor debe analizarse antes de interpretar colores o irregularidades.

Un crecimiento inventado por el paso

a′=−4a, solución exacta a₀e⁻⁴ᵗ.

  1. Δt=1

    Euler multiplica por 1−4=−3: la amplitud cambia de signo y aumenta de módulo.

  2. Δt=1/10

    El factor es 3/5, de módulo menor que uno.

  3. Comparar

    El factor exacto en ese paso es e⁻⁰ᐧ⁴≈0,6703; la aproximación estable todavía tiene error.

Resultado

Una explosión numérica puede ser del método, no de la ecuación.

Lo comprobamos

Estabilidad numérica y precisión son comprobaciones diferentes.

Qué sigue tras un autovalor positivo

La matriz modal tiene una dirección que crece.

  1. Etapa inicial

    Una componente en esa dirección se amplifica mientras sea pequeña.

  2. Más adelante

    Los términos no lineales pueden saturar, trasladar o destruir esa forma.

  3. Conclusión

    Para afirmar un patrón final hacen falta esos términos y su análisis.

Resultado

El análisis lineal identifica un mecanismo y una escala inicial.

Lo comprobamos

No sustituye resolver y comprobar el problema no lineal.

Ahora lo resolvemos de principio a fin.

EJEMPLO RESUELTO 1

Equilibrios logísticos

Para f(u)=u(1−u), halla equilibrios homogéneos.

  1. Constante

    Para un equilibrio homogéneo, uₜ=Δu=0.
  2. Reacción

    Hay que resolver u(1−u)=0.
  3. Primer factor

    u=0.
  4. Segundo

    1−u=0 da u=1.
  5. Verificar

    Ambos anulan la reacción y satisfacen la EDP interior homogénea.

  6. Frontera

    Para considerarlos soluciones del problema completo se comprueba la condición de borde; ambos sirven con flujo nulo.

Resultado

Los equilibrios son 0 y 1.

Lo comprobamos

Ambos satisfacen la EDP homogénea.

EJEMPLO RESUELTO 2

Amortiguar un modo

Con f′(u*)=−1,D=2,λ=3, calcula la tasa.

  1. Modo

    La tasa lineal es α=f′(u*)−Dλ.
  2. Datos

    f′(u*)=−1, D=2 y λ=3.
  3. Difusión

    Dλ=6.
  4. Restar

    α=−1−6=−7.
  5. Amplitud

    a(t)=a(0)e⁻⁷ᵗ.
  6. Comprobar

    Es negativa: este modo decae y la difusión refuerza su estabilidad.

Resultado

La perturbación decae como e^(−7t).

Lo comprobamos

La difusión refuerza estabilidad en este modo.

Los símbolos que hemos usado

u(x,t)
Concentración o densidad dependiente de posición y tiempo.
D>0
Coeficiente de difusión escalar.
f(u)
Producción neta local por reacción.
u*
Equilibrio homogéneo que satisface f(u*)=0 y las fronteras.
−Δφ=λφ
Modo propio del operador espacial con las condiciones de frontera elegidas.
J
Jacobiano de las reacciones en un sistema de varios componentes.
Tasa modal
Exponente que determina el crecimiento o decaimiento lineal de un modo.

Ahora te toca a ti.

Tienes cinco ejercicios. Inténtalos; las pistas te ayudan si te atascas.

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